21 marca 1963 roku z więzienia Alcatraz znika bez śladu ponad trzysta osób. Zarówno więźniów jak i pracowników więzienia. Rząd ukrywa całe zajście i zamyka więzienie tłumacząc to dużymi kosztami utrzymania i niebezpiecznymi warunkami. Do informacji publicznej podaje się informację, że więźniowie zostali przeniesieni do innych zakładów.
Emerson Hausner prowadzi tajną rządową jednostkę, której zadaniem jest odnalezienie zaginionych więźniów. Ci nagle zaczynają pojawiać się w San Francisco. Co najdziwniejsze, mimo że od zdarzenia minęło prawie 50 lat, żaden z nich się ani trochę nie zestarzał. W schwytaniu więźniów Hausnerowi pomaga Rebecca Madsen, miejscowa policjantka oraz osoba która wie wszystko o historii Alcatraz i więźniach w nim osadzonych - doktor Soto.
Za produkcję odpowiada J. J. Abrams, którego wszyscy fani kojarzą przede wszystkim dzięki kultowemu "Lost" oraz serialowi "Alias". Smaczku dodaje tutaj również fakt, że w postać doktora Soto wciela się Jorge Garcia. Nie kto inny jak Hugo Reyes z "Zagubionych".
